Qi’s Blog

SAS绘制森林图（forest plot）添加色条

SAS

GTL

森林图中有plot和label两部分，如下图所示，可以认为第4列是plot，其他列都是label，第1列是文本描述我们可以用format写入数据集，第2，3，5列中的数值结果是在绘图之前就已经计算完成。那么绘制森林图的方法很多，我习惯使用的方法是，将这些lable都通过annotation注释到GTL中，而GTL语句仅绘制第4列的图。

SAS 比较两数据集之间的差异

SAS

SAS Advance

我们直接使用熟悉的SASHELP.CLASS作为测试数据集。

R 输出GMT plot

R

Tidyverse

ggplot2

library(plyr)
library(tidyverse)
library(haven)
library(scales)

adis <- read_sas("adis.sas7bdat")

adis1 <- adis %>% 
  filter(IPPSFL == "Y", PARAMCD == "SAR2NAB", ANL01FL …

SAS 绘制动态爱心

SAS

五一过后，也预示着520也快来了，又到了想破脑袋送礼物的时候了。SAS programmer 该如何表达自己的浪漫，这次我们利用SAS来绘制一颗动态的爱心。

SAS计算几何平均数（Geometric Mean）

SAS

SAS Advance

在一组数据满足对数正态分布时，我们需要用到几何平均数来评估这组数据的”中心”，计算方法为这组数据的连乘积开项数次方根，计算公式如下。

R输出AE summary by SOC and PT

R

Tidyverse

r2rtf

在临床试验有关不良事件（AE）的安全性分析中，TEAE by SOC and PT的table较为常见，我们尝试用R来完成分析并输出report.

SAS绘制流程图

SAS

FlowChart

CSR中的第一张表格往往会是一张流程图，那么使用SAS如何绘制流程图，我们一起来看看。

Shiny package 绘制 COVID-19 Plot

R

Tidyverse

shiny

Shiny package 是在R中进行数据分析可视化非常著名的一个包，我们就采用这个包来展示他的一些功能。数据来源和前期数据处理的解释，请参考上一篇文章 R绘制COVID-19新增病例趋势图，这里直接放上前半部分的程序。

VS Domain

CDISC

SDTM

VS 是 findings domain，主要包含了血压、体温、呼吸、脉搏、身高、体重等检查结果。

R绘制COVID-19新增病例趋势图

R

Tidyverse

ggplot2

COVID-19 的病例数据来源于COVID-19 (coronavirus) by Our World in Data，并通过 OWID data 绘制一张新冠肺炎新增病例的趋势图。

SAS SQL（二）：横向合并的逻辑

SAS

SAS Advance

SAS SQL

学习SAS语法，需要进行数据集的横向合并，首先接触到的都是 Merge 语句，常见用法如下。

AE Domain

CDISC

SDTM

不良事件可以简单理解为受试者发生的任何医学事件，不一定与试验用药有关系。

SAS SQL（一）：语法顺序与执行顺序

SAS

SAS Advance

SAS SQL

SAS 语言吸纳了很多其他编程语言的优势，比如 SQL procedure，在 SAS 当中也可以使用 SQL 进行增删查改。SQL procedure 一般的语法结构如下。

Data Step 转置

SAS

SAS Base

SAS Programming 中想到转置，可能都会知道 Transpose Procdure，比如有一份每个人的三次评分数据，需要进行转置。